Źródła rzeki usytuowane są na terenie Suwalskiego Parku Krajobrazowego w odległości około 500 m od doliny Czarnej Hańczy. Płynie umiarkowanym nurtem, przeplatanym bystrzami, dnem rozległej, szerokiej doliny (Zagłębienia Szeszupy), zbierając po drodze niewielkie strumienie, odprowadzające wodę z licznych torfowisk i jezior. Polska część rzeki liczy 27 km. W górnym biegu jest wartkim strumieniem, płynącym w wyraźnie zarysowanej dolinie.
